Študentje in študentke imajo vsako študijsko leto na izbiro več raziskovalnih programov, skupin in projektov na AMEU-ISH in na javnih raziskovalnih zavodih, s katerimi ima AMEU-ISH sklenjene pogodbe o sodelovanju. Raziskavo si študentje izberejo sami, v soglasju s koordinatorjem/ico vpisanega študijskega programa in v soglasju z vodjo raziskave. Način in obseg opravljanja IRD vsak vodja raziskave določi sam/a. Pogosto se IRD opravi s seminarsko raziskovalno nalogo ali na kakšen drug način, ki ustreza projektu. Opravljena obveznost se ne ocenjuje. AMEU-ISH uresničuje pogodbe o sodelovanju z naslednjimi raziskovalnimi zavodi: Inštitut za novejšo zgodovino (INZ), Pedagoški inštitut (PI), Znanstveno raziskovalni center SAZU (ZRC SAZU), Znanstveno raziskovalno središče Koper (ZRS KP), Inštitut za civilizacijo in kulturo (ICK).